Para a placa funcionar necessita de lhe dares alimentaçao e a ligaçao via SPI(incluida na ficha ICSP).entao passa fios directos e nao encaixes a shield por cima do MEGA.Passei os olhos no esquema do oficial (esse deve ser parecido) e la tambem nao ligam o pino RX TX pois nao é necessario.Faz este teste liga com fio sem colocares a placa por cima.
Eu em tempos tive um problema semelhante, no meu caso nao conseguia fazer upload de nenhum skeetch com a placa encaixada.O motivo era que a ethernet shield tinha uma resistencia de Pull-Up também na linha de reset (pino 5 ICSP) e que fazia com que o micro não reseta-se e o bootloader entra-se em açao.
A minha solução foi remover a resistencia e ja passou a dar.O teu problema pode ser diferente ...
Nao sei se te poderá servir de alguma coisa mas tirei uma foto agora a minha shield onde assina-lo a resistência que removi.
