Il firmware AT si può rimettere però io non lo uso più da tempo. L'ultima volta che l'ho fatto c'era un .bin e un eseguibile per Windows per inserirlo.
Se te la cavi con l'inglese questa guida credo ti sarà utile.
Sull'ultima questione: se l'IDE non mi segnala problemi al caricamento funziona sempre a patto che lo sketch sia corretto.