Olá Thiago, bem vindo ao fórum.
Talvez sua pergunta tenha várias repostas. É difícil aconselhar pois cado um enxerga a coisa de uma forma.
Minha opinião pessoal é que se vale a pena ou não depende muito das necessidades de cada pessoa, ou seja, cada placa pode ter detalhes diferentes entre sí que devem ser analisados, as especificações técnicas de cada uma.
Eu pessoalmente acho que a placa em sí é o que menos importa, ainda mais para iniciantes. As principais caracterísitcas de funcionamento giram em torno da versão do bootloader, que pode oferecer mais recursos que versões anteriores. Por exemplo uma placa Arduino Severino (que é bem antiga), com um Atmega carregado com o último bootloader, você roda qualquer sketch ou realiza qualquer tutorial encontrado na internet, da mesma forma como se estivesse usando o Arduino Uno. Neste caso as diferenças são que a Severino não tem a saída de 3,3v e nem tem comunicação USB onboard, apenas serial. Por outro lado a Severino usa um indutor (microchoque), na entrada de alimentação o que em tese te dá maior acurácia na leitura de sensores, nem a Uno nem a Duemilanove tem esse recurso então neste aspecto a Severino é melhor.. ..
Esse é apenas um exemplo, cada placa tem particularidades próprias que na maioria das vezes são detalhes muito específicos... então é difícil afirmar que essa ou aquela placa esteja defasada.... Não é como computador pois todas elas rodam o mesmo Atmega na mesma velocidade e mesmos recursos de entrada e saída.
Nesse sentido, pra utilização geral, eu compraria a placa mais barata.
De qualquer forma outras pessoas podem responder aqui, com outras opiniões, aí você vai formando a sua.
Valeu !!