scusa ho sbagliato la pompa non va a pwm ma ha il controllo in cc 0 a 5v perché sul suo controller originale ce un filtro RC formato da una resistenza e un condensatore verso massa
Non diciamo cavolate, se la pompa lavora con una tensione 0-5 V non lavora col PWM, il filtro RC in ingresso c'è per tagliare eventuali disturbi sulla tensione di controllo e non per trasformare il PWM in DC, cosa che si può fare ma che va fatta nel giusto modo e non "alla come viene viene".
Nel tuo caso serve un corretto rc, costante di tempo non minore di 100*1/Fpwm, seguito da un opamp che provvede ad amplificare leggermente, oltre che a disaccoppiare, in modo da ottenere 0-5V, questo è il modo corretto per fare le cose.
Meglio ancora usare il DAC della DUE, però in questo caso la parte analogica diventa più complessa perché il DAC non varia tra 0 e 3.3V, ha un range compreso tra 0.55 V e 2.75V,
qui trovi un esempio di come fare per variare il range tra 0 e 3.3V, modificando i valori è possibile ottenere 0-5V