Was das Durchschleifen betrifft, manche Shields bauen so hoch, daß sich keine weiteren draufstecken lassen. Bei Displays macht es sowieso keinen Sinn, noch was anderes draufzupacken - die haben dann ggf. Lötaugen zum Anschluß von Erweiterungen über Kabel.
Bei Jumpern würde ich keine Pins angeben, die analogen Pins können ja auch als digitale verwendet werden. Umgekehrt geht das natürlich nicht, da wäre Dein Multiplexer eine Ausnahme. Der Unterschied zwischen "frei/unbenutzt" und "frei wählbar" ist nicht wirklich einsichtig/hilfreich. Bei Prototype Shields ist die Verwendung auch völlig benutzerdefinierbar.
Hilfreich wäre eine Funktion/Darstellung der Pins, wenn mehrere Shields gemeinsam verwendet werden - zur Erkennung von Doppelverwendungen. Dazu müßte die interne Speicherung die entsprechenden Verknüpfungen ermöglichen. Dazu kämen Shields mit Verwendung einer seriellen Schnittstelle (SD Card, Netzwerk...), die dann notfalls mit SoftSerial emuliert werden können/müssen. Ggf. auch noch Interrupts, die auf Int1/2 gelegt werden sollten (falls verwendet).
Für einfache Benutzer ist die genaue Belegung vielleicht zu anspruchsvoll, die möchten nur wissen "kann ich diese Shields gemeinsam benutzen". Dafür reicht erst mal ja/nein, dazu ggf. die Angabe warum nicht bzw. was noch an Pins für Jumper benötigt wird. Oft kommen dann noch Rückfragen, wenn ISP oder I2C von mehreren Shields verwendet wird, wieso das zulässig ist. Bei Deinen Analog-Multiplexern fallen A4/A5 weg, wenn I2C verwendet wird.