Wenn du unsauber programmiert hast, nützt der genaueste Timer nichts.
Über welche Umwege wird denn die Uhr angezeigt, vielleicht verschlabbert dein Code da die Zeit , evtl durch ein For oder zusätzliche unnütze Delay.... 
Meiner Meinung nach ist der Arduino nicht genau genug für eine Uhr.
..das ist unsinn
Der Timer geht bei 16mhz bis µsek(millionstel secunde) genau.
Sogar µsec als Float schafft das avrgcc.
Wenn der interne Quarz mit 1 oder 8 mhz gesetzt wurde dann kann es durch Teperaturschwankunken dazu kommen.