Hallo currymuetze,
das sieht ja toll aus.
mmh, ich finde es toll wie du den Code aufgeteilt hast, glaube aber das das Problem genau hier liegt.
Du springst aus dem Loop in die Unterfunktion FadeIN und arbeitest den Fade in einer For Schleife ab,
... und Du hast recht, jetzt wird es etwas schwierig mit relatime LCD und anderen Leds.
Das Stichwort lautet wohl Interrupts. Alternativ könntest Du überlegen ob du das Faden nicht in direkte abhängigkeit von der Uhrzeit umsetzt.
(Innerhalb des Loops...)
Ich habe da im deutschsprachigen Playground zum Interrupt mal ein beispiel eingestellt... schon lange her... und sicher gehts besser,
aber damals habe ich mich mit einer sehr ähnlichen Thematik befasst. Das könntest Du Dir mal anschauen. Ging um Interrupts in Abhängigkeit zur Timer-Library.
Du mußt wenn Du mehr Leds schalten oder LCD Ausgaben machen willst die Schleife so oder so "verlassen" oder mit den zusätzlichen Funktionen mischen.
Interrupts sind da eine gute Möglichkeit, indem Du per Interrupt
den LCD Ausgaben, (Led Möglichkeiten) quasi eine höhere Priorität zuweist.
Natürlich könntest Du auch innerhalb des FadeIN's deine LCD Ausgabe machen, denke aber dann wird es vielleicht etwas unübersichtlich.
Du könntest Dir auch einen Trigger basteln. Wenn +1 Minute dann....
Das ganze soll jetzt erstmal nur eine Inspiration sein, deine strukturierte Programmierweise... HUTAB! Müsstest aber dennoch vielleicht konzeptionell
etwas ändern.
Ich wünsche Dir viel Erfolg, der Ansatz ist sauber, und ich bin gespannt auf die Präsentation im Exhibitionbereich! 
Lieber Gruß
ChrisS