Einen Bleiakku kannst Du tiefer entladen. genaueres findest Du in Datenblatt bei Entladeschlußspannung. Diese hängt wiederum com Strom ab den Du ziehst.
Bei kleinem Strom müßte die Entladeschlußspannung bei 1,75V pro Zelle liegen; bei 3 Zellen sind das 5,25V.
Am einfachsten geht das mit dem ATmega; einfach Spannung messen und dann ...
Hab auch mal keinen Geistesblitz.
Grüße Uwe