Un hard link dubito funzioni, perché lo lancerebbe con il desktop come cartella corrente e quindi non troverebbe gli altri file.
Francamente io su Linux non ho alcuna necessità della versione portable, quindi mi faccio un pacchetto ogni volta che esce una nuova versione, scompattando in /opt/arduino-1.x.y e mettendo il già citato script in /usr/local/bin. Creo inoltre il file desktop per farlo comparire nei menù. Con queste semplici operazioni posso lanciarlo al volo sia da desktop che da linea di comando.
Se poi la nuova versione ha problemi reinstallo il pkg della vecchia. Mai avuto necessità di più versioni da anni.