Innanzitutto complimenti per il lavoro 
e poi il carico 
perchè (visto che hai usato un 2009 negli esempi) non aggiungi anche la modalità di programmazione bitbang?
così le hai veramente elencate tutte 
Non so se hai l'età per ricordarti i telefilm della buonanima di Arnold, ora al mio posto di direbbe: "Cosa cavolo dici Willy?"
Scrivi, esemplifica, suggerisci, spiega, posta (è verbo
), io sperimento è poi scrivo e aggiungo!
I'm waiting.....
Innanzitutto farti i complimenti ormai è inutile
XD
Piano piano vado leggendo... Dove parli dei metodi di caricamento dello schetch, nella modalità "seriale", spieghi appunto come caricare il software su un ATmega con bootloader usando arduino come "ponte". A mio avviso sarebbe opportuno inserire che l'arduino in questo caso non fa altro che funzionare come semplice adattatore seriale-usb. Perchè? perchè non è essenziale usare l'arduino, ma un qualsiasi adattatore seriale, infatti io ho utilizzato, ad esempio, questo qua: http://www.robot-italy.com/product_info.php?products_id=742, scheda dalla quale ho tolto l'xbee e quindi ha funzionato proprio come un semplice adattatore seriale-usb. L'unica cosa che devo fare è quella di usare il reset manuale. A mio avviso sarebbe importante slegare la necessità dell'Arduino come ponte, ma renderlo semplice opportunità.
Per me va benissimo approfondire la sezione "seriale", se ne facessimo solo una questione di convenienza pratica, basterebbe il solo cavetto ISP, ma qui ormai cerchiamo di fare un lavoro completo, quindi ogni nuova tecnica va bene, dammi ulteriori, info, così compro quanto mi serve (sto risparmiando sulle caramelle...) per fare prove e foto.
A che ci siamo si potrebbe studiare l'upload via xbee, vediamo se riesco a studiare qualche cosa in merito e dare un piccolo contributo!
Di xbee non ho visto ancora nulla ma vedo che si usa tanto, sono incuriosito, sarebbe l'occasione per imparare ad usarlo, i contributi non sono mai piccoli, e ti assicuro che questa cosa posso dirtela a giusta ragione
Riguardo la traduzione concordo sul fatto che si debba aspettare la versione finale, ma alcuni capitoli ormai sono "chiusi", almeno si potrebbe cominciare; con google e live search ho tentato di fare qualcosa, anche di molto più piccolo, vanno bene per scrivere una email, a patto di correggere un terzo di quanto ti propone, ma questo lavoro va fatto con piena competenza della lingua, altrimenti alla fine ci prendono pure per il c.... tanto vale lasciar perdere
Ho letto la parte finale, quella dove fai riferimento a Superkulak. Sinceramente non capisco bene...
Io in passato ho fatto questa cosa qua: ho caricato il bootloader su un Arduino e poi l'ho messo su bredboard, con oscillatore, quarzi, etc. Poi ho preso un circuito con chip ftpi, ovvero un semplice convertitore usb-seriale. Ho preso le uscite tx e rx e le ho usate per programmare lo sketch. E' questo il riferimento a Superkulak? In fondo quando ad un arduino levi l'ATmega non fai altro che trasformarlo in convertitore usb-seriale...
No, semplicemente collegati in seriale Arduino (col chip a bordo) e breadboard e vedrai che se tenti di caricare uno sketch ti dà irrimediabilmente errore proprio perché, come giustamente affermi, l'Arduino andrebbe usato come semplice convertitore usb-seriale. Invece questo "suilibrato"
ha scoperto che basta eliminare il filo "tx" e si riesce a caricare lo sketch su entrambi i chip, quello su Arduino e quello su Bread, con i limiti che ho spiegato....