Ganz einfach, Arduino ist eine geschützte Marke, somit darfst du und andere Hersteller ihre Produkte nicht so nennen.
Standalone Atmega328 sagt dann aus, der Chip wird ohne ein bekanntes Board verbaut.
Die Entstörfilter sind auch für 6 Volt geeignet und solltest du unbedingt einbauen, damit dein Projekt vernünftig läuft.
In einem Verbrennungsmotor entstehen Spannungsspitzen bis zu ca. 100 Volt die damit von deiner Elektronik fern gehalten wird.