Claro, porque ahora estas escribiendo bytes.
Un byte no tiene codificación solo es un número binario. Si lo envias por Serial, dependerá del receptor lo que quiera interpretar. El terminal por ejemplo, escribe caracteres, solo los que pueda imprimir, los que no los dejará en blanco o hará cualquier cosa.
Mira este programa:
#include <EEPROM.h>
void setup() {
Serial.begin(9600);
for (int i=0; i<256; i++) {
Serial.write((unsigned char)i);
if (i!=0 && i%16==0) Serial.println();
else Serial.print(' ');
}
}
void loop() {
}
Enviará por el puerto serie los bytes del 0 al 255, he añadido un salto
de línea cada 16 caracteres y he usado el terminal del ide y realTerm, con el siguiente resultado:

RealTerm utiliza ASCII/ANSI, mientras que el terminal usa UTF-8. Como ves el resultado es que cada byte tiene asociado un caracter en el caso de ANSI y los que no tienen un caracter ni los pinta. En el caso del IDE, ocurre tres cuartas de lo mismo, pero en este caso si pinta cuadrados en los caracteres que no tienen esa asociación.
Una cosa buena de las codificaciones es que generalmente los bytes comprendidos entre 0x21 (33) y 0x7F (127) son comunes. No importa si la codificación es tal o cual, será reconocido. Estos caracteres son:
! " # $ % & ' ( ) * + , - . / 0
1 2 3 4 5 6 7 8 9 : ; < = > ? @
A B C D E F G H I J K L M N O P
Q R S T U V W X Y Z [ \ ] ^ _ `
a b c d e f g h i j k l m n o p
q r s t u v w x y z { | }
Pero como ves, no hay acentos, ni ñ, ni caracter raro.
Así que si quieres evitar el problema de la codificación hay dos vias:
Usando texto: obvia tildes y caracteres raros. Así en lo "comandos" que propusiste en la imagen del primer post serían: ok, atras, guardar, etc. Sin usar tildes ni nada por el estilo.
Así no importa si es utf-8 lo que haga arduino con los caracteres, o si es ascii, será lo mismo. E igualmente en el lado del emisor, que lo raro es lo del ide, ya que si fuese utf-8 deberia de mandar en el caso de la ñ 0x3cB1 y envia, parece ser, utf-16.
Usando binario. En este caso lo que mandas son valores binarios, asi que tanto como emisor como receptor deben enteder el idioma, lo que Peter ha dicho que son protocolos. Por ejemplo, el arduino recibe valores binarios y un valor 0x34 es el comando "atrás", entonces el emisor solo debe mandar un byte que es 0x34.