Grundsatz: Wenn Du ein Verhältnis an der Betriebsspannung misst - also z.B. einen Spannungsteiler, der von den 5V betrieben wird, dann die 5V, weil sich Schwankungen rausrechenen.
Wenn Du eine externe Spannung misst, dann die interne Referenz oder eine hochgenaue Referenzspannungsquelle.
Gruß Tommy