Se realmente ocorreu algum curto provavelmente queimou.
Nunca queimei um Arduino, mas já vários PICs.
Era exatamente esse problema que dava quando eu tentava ler a memoria depois, dizia estar vazia.
No caso, se vc tiver um Duemilanove é o ATmega328.
Basta comprar outro com o boot instalado e trocar.
Acho que é esse o problema, mas como sempre nao há como ter certeza.
E se nao queimou mais coisas.
Se quiser mais opinioes basta esperar, talvez alguem tenha certeza do problema e a soluçao.
Espero ter ajudado.