Non voglio additare nessuno prima di sapere esattamente come stanno le cose ma a questo punto sarebbe gradito un chiarimento da parte del team.
Il limite è 128 kbyte se ragioniamo con questi e non con le word, due byte ciascuna, ho l'impressione che il team Arduino non si sia ancora reso conto dell'esistenza di questo problema, il Mega 2560 è un micro relativamente recente e ha sostituito il Mega 1280 presente sulla precedente versione di Arduino Mega, non credo ci siano applicazioni Arduino che richiedono più di 128k, almeno io non ne ho viste.
C'e sempre la questione del bug dei dati posti oltre 64k, credo sia molto difficile che una normale applicazione Arduino incappi in questo errore, però dato che è un problema noto sarebbe stata cosa gradita inserire nella 1.0 di Arduino un compilatore aggiornato ad una release esente da questo problema.
Per quanto riguarda Windows il problema lo sto risolvendo io in modo definitivo, tra oggi e domani rilascio una prima release, da considerarsi sperimentale, della toolchain Atmel per l'IDE 1.0, così grazie alla collaborazione di qualche volenteroso beta tester vediamo se ci sono ulteriori problemi da risolvere oltre a quelli che ho trovato io.