Schwierig zu sagen, was das Problem ist, ohne den Code zu sehen. Denke aber, dass die Eingabe und Ausgabe nicht wirklich abgetrennt ist und sich deshalb die verschiedenen Eingaben gegenseitig beeinflussen.
Ziemlich einfach lassen sich solche Sachen realisieren, indem du eine Variable machst, in der die Relaiszustände gespeichert werden. Eine Funktion fragt diese Variable bei jedem Loopdurchgang ab und stellt die Relais dementsprechend ein. Die Variable selbst kann dann von beliebig vielen anderen Funktionen verändert werden, ob nun ein Taster mehrere Zustände ändert oder was auch immer.
melden, wenn Beispiel erwünscht