Piccola premessa, la Luigino 328 è un mio progetto, realizzato per conto di Droids (Robot Italy), quindi la conosco come le mie tasche 
Il difetto che lamenti è tipico del vecchio optiboot quindi ti faccio una domanda specifica, sei sicuro al 100% di non aver caricato sul ATMEGA328 l'optiboot al posto del bootloader 2009, oppure hai cambiato il micro con uno preprogrammato con il vecchio optiboot ?
L'aver messo in corto il connettore USB con delle alimentazioni può aver danneggiato l'FTDI, però se riesci a caricare gli sketch direi che questa possibilità è da escludere.
Per me ti conviene provare a ricaricare il giusto bootloader sul ATMEGA, o usi quello della 2009 allegato all'IDE 0022/0023 oppure l'optiboot allegato all'IDE 1.0.1, ti consiglio quest'ultimo perché due volte più veloce nel caricare gli sketch.
Verifica anche di non avere lo SmartReset attivo, ovvero imposta il reset come Arduino Standard, sebbene non può dare questo genere di problemi è meglio mettersi nelle condizioni di prova sicure escludendo tutto quello che può creare complicazioni.