Ok, abbiamo accertato che stai usando l'optiboot vecchia versione, il che spiega il problema, il motivo per cui fino ad adesso non hai rilevato problemi è che questa anomalia non è detto che salti fuori sempre, se poi hai lo SmartReset attivo è facile che la L328 riesce a funzionare pure con il vecchio optiboot.
La soluzione definitiva è caricare sul ATMEGA 328 il nuovo optiboot, quello allegato all'IDE 1.0.1, per come farlo ti consiglio di leggere la guida di Menniti, trovi il link nella sua firma, è molto chiara e ti spiega tutto passo per passo.
Idem per l'ATMEGA bloccato, se ricarichi il bootloader cancelli qualunque condizione di blocco e ripristini il normale funzionamento, in alternativa puoi provare con la "manovra d'emergenza", se fai una ricerca sul forum trovi molti post dove se ne parla e viene descritta minuziosamente.