Bien, el fichero es mas o menos como me imaginaba.
El problema es que no son números enteros y por lo tanto la funcion que te puse no te sirve.
Tendrás que modificar la funcion para que funcione con números decimales y los concatene correctamente (como números).
O también podrías concatenar los caracteres desde una coma a otra y obtener el número como cadena, y después buscar alguna funcion que te pase de cadena a decimal.
Los datos los puedes guardar en las variables:
float latitud;
float longitud;
int cantidad;
Cada vez que leas una fila actualizas los datos de las variables con los de la nueva fila, haces con ellos lo que quieras y lees los siguientes cuando termines.
Una linea no termina cuando encuentras un espacio, la linea termina cuando encuentras el carácter de salto de linea que es: \n , al no ser representable no es visible en los ficheros pero esta ahí. (en el Notepad ++ mostrando los caracteres ocultos si que te lo muestran).
En el caso de los vectores de caracteres, el fin de vector o de cadena es siempre con el carácter \0
La funcion eof() es la que se usa en C, pero para la librería SD de Arduino tienes que usar las que te proporcionan, en este caso file.available() con eso sabes si siguen quedando caracteres por leer en el fichero o no.
Saludos!