L'uscita di Arduino (un pin digitale qualsiasi se non vuoi variare la velocità, un pin PWM se la vuoi variare) si collega, tramite la resistenza, sul Gate del mosfet, il carico lo colleghi da un lato al positivo (e si, quei 48V sono il massimo che quel mosfet sopporta in sicurezza) e dall'altro lato sul Drain del mosfet e il Source del mosfet lo colleghi a massa.
Se usi differenti alimentazioni per Arduino e per la ventola ... le masse, ovviamente, devono essere tutte in comune !
Usa gli IRL non IRF ... anche se in giro trovi che sono equivalenti, non è vero ... con i 5V di Arduino avresti difficoltà a pilotarli 
Guglielmo