woodstock:
il problema di fondo, che non capisco, è come mai il segnale (orientato correttamente) sparisca dall'oscilloscopio nel momento in cui mi collego all' arduino.
In questo caso la risposta è molto semplice, l'impedenza d'ingresso di Arduino è troppo bassa rispetto all'impedenza di uscita del tuo circuito e questo ti azzera il segnale.
Soluzione mettere sul segnale un opamp in configurazione voltage follower per ridurre l'impedenza d'uscita.