sì, i motori molto probabilmente romperanno le balle, ma puoi creare una gabbia di faraday per "intrappolare" il campo elettrico e magnetico che generano.
per il magnetometro questo costa molto meno e viene usato sui quadricotteri, quindi vai tranqiullo che funziona bene, e tra l'altro cìè pure l'esempio di codice arduino già fatto 
http://www.robot-italy.com/product_info.php?cPath=15_139&products_id=2033
spero che tu te la cava in geometria e matematica, altrimenti può essere complicato scrivere le formule per quello che ti serve fare.
Se la tua macchina fa delle curve molto veloci potresti tenere anche il giroscopio, dato che i magnetometri sono lenti (160 letture al secondo contro le migliaia di un buon giroscopio economico come gli ITG3200)
ah, dimenticavo, a meno che la tua macchina non sia sempre in piano, devi usare anche un accelerometro e quindi conviene passare direttamente all'uso di una IMU (a 9 assi: 3 di giroscopio, 3 di accelerometro e 3 di magnetometro), si trovano buone sui 60/70€