Pues lo he desmontado todo y remontadas todas las conexiones haciendo caso al post anterior. Gracias a los dos
Efectivamente parece que algunos pines de arduino no funcionaban bien por lo que los he cambiado.
Ahora he retesteado y parece que todo funciona bien, a la espera que pruebe persiana por persiana.
Una preguna antes de conectar. Se me ocurrió poner un diodo en cada entrada positiva de cada relé para evitar el rebote eléctrico. No se si esto es correcto o he hecho una estupidez (Por favor, no me echeis del foro por esto 
)
