Te explico : Vin es la entrada de alimentacion DIRECTA del Atmega, es decir, 5 V DC ESTABILIZADOS
Lo que has de usar en tal caso es la clavija de alimentacion incorporada en la placa ya que admite desde 6 V a 21 V en continua
El regulador que incorpora la placa ya se encarga de bajar esta tension a los 5 V que necesita el Atmega
Por supuesto que puedes utilizar el alimentador que dices pero eso si, debes de comprobar la polaridad antes de conectarlo
El terminal interno debe ser el `positivo y el externo el negativo. Si no tienes esto en cuenta, lo quemaras.