Farei come già è stato suggerito quindi metterei un regolatore di tensione ben filtrato (tramite condensatori) in modo da avere 5V; se usi un 78S05 ad esempio puoi avere anche 2A in uscita. Per il discorso interferenze passo :), comunque farei un pcb dedicato con un adeguato piano di massa e se necessario lo inserirei dentro a un contenitore metallico (un pò come si fa con gli amplificatori).
Che dovrà fare l'arduino sulla moto? Devi gestire anche luci o altre utenze che vanno alimentate con più di 5V?