Fare lo "standalone" consiste nel creare un pcb a parte con solo l'atmega328 dell'arduino, quindi senza la scheda arduino.
Se non ti serve il collegamento usb (non credo visto che va applicato su una moto) ti basta l'atmega, una resistenza, il quarzo e una manciata di condensatori; per il resto funzionerà tutto uguale.
Prendi l'arduino e una volta che hai testato la tua applicazione ci carichi il tuo sketch;
crei il circuito a parte, con tutti i componenti necessari su millefori o ti fai un pcb;
stacchi l'atmega dall'arduino e lo metti sul tuo pcb.