La librería que te serviría para dicho propósito es IRremote. Cuenta con todos los recursos para reconocer protocolos IR conocidos y desconocidos.
Puede almacenar en RAW o sea valores hexadecimales crudos si tienes memoria suficiente claro porque no sabemos de cuantos comandos hablas ni de cuantos bytes esta compuesto cada comando, dos limitantes en función de la RAM del micro Arduino que uses.