almacenar datos del puerto serie en una base de datos

yo te recomiendo que uses Download Processing / Processing.org.

proba los ejemplos de arduino, del puerto serial. empapate del tema y luego
procedes a hacer los que mencionates antes.
tambien re recomiendo que pases por la referncia de arduino, osea
que tipos de datos usa, funciones, estructuras de control(muy inportante), aqui es la logica
sino sabes esto ponete a ver esto si osi.
http://arduino.cc/es/Reference/HomePage#.U0YWVtj3Ct8