Resolvido!
Deixei de usar a biblioteca Stepper e optamos por colocar o Easy Driver para controlar o motor diretamente. Agora os passos do motor ocorrem dentro do loop() e o programa não fica impedido de checar o Serial. Se tiver curiosidade segue o código de teste abaixo que fiz.
#define motorDirecao 9
#define motorPassos 10
void setup() {
pinMode(motorDirecao, OUTPUT);
pinMode(motorPassos, OUTPUT);
Serial.begin(9600);
}
void loop() {
acoes();
motor();
}
void acoes() {
if (Serial.available()) {
Serial.print("Recebendo ação ");
Serial.println(Serial.parseInt());
}
}
void motor() {
digitalWrite(motorPassos, HIGH);
digitalWrite(motorPassos, LOW);
delayMicroseconds(250);
}