Sensor sonar Tx e Rx ( 4 duplas, tx e Rx)
Só por causa deste requisito, eu iria para o Mega... e mesmo assim vais precisar duma Serial feita por software se quiseres usar o USB.
Olhando ao resto do que precisas, duvido que qualquer outra placa que não o Mega dê para a tua aplicação. Podes também olhar ao DUE, mas sinceramente não te sei dizer que é melhor que o mega em termos de interfaces. (Ainda não olhei em condições para ele.)