Esfinterman, muchas gracias, tenias razón he probado con otra placa y efectivamente esta funciona sin problemas una y otra vez con distintos programas. Al parecer es una averia intermintente del chip de las comunicaciones serie, que en contadas ocasiones funcionaba y conseguia cargar un programa. Al ser mi primera placa no daba credito a tener tan mala suerte. En fin ya estoy disfrutando con la nueva placa.
Respecto a lo que te pasa ahora, prueba a cargar programas mediante un hub usb alimentado o conectando el alimentador externo ademas del usb.