Non capisco a cosa ti riferisci quando dici che l'Arduino Mega2560 ha 11 pin. A parte che di Arduino Mega2560 ce ne sono 3 versioni, ma tutte hanno sempre avuto lo stesso layout, ossia 70 pin divisi fra 54 pin I/O digitali e 16 in analogici.
Parli poi di firmware. Ma ti riferisci al Bootloader delle Arduino Mega2560 oppure al software Ultimaker? Ma il kit Ultimaker non comprende anche un Arduino Mega2560 con il programma precaricato?
PS:
se hai dei problemi con l'oggetto ed hai comprato l'oggetto in Europa e sei un privato ed hai problemi con l'Ultimaker, io ti consiglierei di rivolgerti al rivenditore dato che dovresti avere diritto alla garanzia di 2 anni sui prodotti acquistati.