Ik vind jouw vraag helemaal niet zo duidelijk, maar ik geef dan maar het antwoord waarvan ik denk dat dat het best past met wat ik denk dat je vragen wil.
Bij mijn weten is Arduino een project met een GPL licentie.
Dat betekent dat jij er mee mag doen wat je wil.
Wanneer je de code aanpast, moet je de aanpassingen publiceren zodat anderen jouw aanpassingen ook kunnen gebruiken.
Code is in dit geval dus de bootloader.
Ik dacht dat je ook moest vermelden dat je die code gebruikt, maar dat is niet eens het geval (heb ik net opgezocht).
Maar voor een commercieel product is waarschijnlijk helemaal geen bootloader nodig.
Tenzij jij jouw gebruikers zelf updates wil laten uitvoeren via de IDE, waarbij ze dan dus ook jouw code kunnen zien.
Lijkt me niet de beste commerciële aanpak.
Ik heb hier (klik !) gekeken om dit antwoord te geven, en denk dat daar heel bruikbare informatie in staat voor jou (inclusief een alternatief ingeval je nog zou twijfelen).