Devi sapere che gli LCD li puoi collegare con apposite schedine aggiuntive al BUS I2C, quindi usare solo 2 pin (A4 e A5 sulla UNO oppure SDA, SCL sulla UNO R3, che poi sono collegati internamente ad A4 e A5), altrimenti dovrai fare la conta. 
Secondo punto. I pin analogici posso essere usati come digitali in uscita (forse anche in ingresso) quindi otresti spostare i due led lì.
Ti consiglio di non usare, almeno che non abbia proprio necessità , i pin 0 e 1 perché usati dalla seriale (se fai debug su serial monitor li DEVI lasciare liberi, altrimenti fanno casino)
Inoltre potresti spostare i led, come già detto, sugli analogici lasciando i pin 12 e 13 che sono usati dal BUS SPI. Magari un giorno vorrai aggiungere la connettività di rete al cronometro. Se proprio non è indispensabile usare quei piedini lasciali liberi.
Per lo schema dei collegamenti puoi usare --> http://fritzing.org/ (ma credo che tu lo conosca già )
Ricordati infine anche le resistenze sui led altrimenti bruci i piedini di Arduino. E sono dolori!! 
Se ti dovesse servire una mano per lo sketch posta le domande nella sezione Software. XD