Lo que pasa que un automata te viene preparadas las salidas para alimentar altas corrientes, protegidas ante cortocircuitos, fuente de alimentacion protegida ante transitorios, metido en una caja IP65, preparado para ambientes industriales,modular,......
A parte de un software que te asegura que lees entradas,ejecutas programa y actualizas salidas en lo que llaman "tiempo de ciclo". Y te trae todo un interface para programar (por ladder, grafcet,... ), PID, RS485, CAN, ...
Es decir, pagas por un "producto". Es un hardware generico, preparado para entornos industriales.
Con un microcontrolador (ej, Arduino) tienes que disenyarte el producto tu a medida. Es decir, eres tu el que disenyas el "automata industrial". Vamos a decir que bajas a un nivel mas bajo de hardware y software.
Pero lo puedes hacer perfectamente. Depende el tipo de control que se haga, muchas veces los "600 euros" del automata es una barbaridad, cuando con un microcontrolador y un par de reles haces lo mismo.... pero otras veces, merece la pena....al final, el tiempo es dinero.... 
Por ejemplo, http://www.ruggedcircuits.com/ , es compatible con Arduino, y te viene preparado con las salidas protegidas,ESD,.... Es un pasito mas a lo que necesitas para un "automata industrial".
Googlea, porque hay un monton de proyectos de automatas industriales caseros..... ( con PIC, Atmel,....).
Saludos
Igor R.