Dans ce cas, rien n'empêche de faire une carte basée ATmega qui ne s'inspire pas d'Arduino (en gros qui ne reprend pas le format ni les connecteurs shields car en dehors de cela, le schéma reste une bête application du chip ATmega) et d'utiliser AVRstudio sans les libs afin d'être 100% tranquille.
D'autres aspects telles que la responsabilité font qu'il n'est pas souhaitable d'utiliser une carte et un environnement destiné au prototypage et aux hobbyiste pour faire un produit commercial.
Oui mais à ce moment on tombe dans ce cas la également contraignant : http://arduino.cc/forum/index.php/topic,33539.0.html