Si buscas siempre Arduino ALGO ALGO_distinto se encuentran cosas como estas:
Busque Arduino Due usb scanner y salió este link
No se si te funcionara pero es un comienzo.
Otra cosa, leí que que hay limitaciones en cuanto la corriente que puede suministrar el USB nativo.
Si es tu caso, te recomiendo que armes una pequeña interfaz donde el cable USB + positivo, no provenga del Due sino que lo interceptes y uses una fuente externa que entregue los 500mA minimos del USB 2.0.