Pour sortir d'un WAIT MODE suivant le niveau de l'un des 16 WKUPn pins, 2 registres sont à utiliser (cf Sam3X datasheet, pages 40, 558, 559). Il faut donc signaler d'abord que le uc doit rentrer en mode Sleep option Wait Mode, puis autoriser la sortie du WAIT MODE suivant le niveau de l'une des broches (WKUPn) choisie via PMC_FSMR et PMC_FSPR.
J'avais fourni un exemple d'entrée/sortie du mode WAIT MODE en utilisant le périphérique RTT dans ce topic, réponse #4:
Il faudra donc modifier la programmation avec PMC_FSMR et PMC_FSPR.