mein Duemilanove hat ja einen 3,3 Volt Pin. Kann ich dort direkt 3,3 Volt für mein DCF77 (3,3Volt) abgreifen?
Ja, das geht, wenn Dein DCF77 nicht allzu viel Strom benötigt.
Wenn ja, hab ich die 3,3 Volt auch wenn ich den Controller runternehme und in eine eigene Schaltung baue?
Wenn Du den ganzen Arduino-Aufbau in Deine Schaltung integrierst: ja, ansonsten: nein. Die 3V3 Spannung wird von einem separaten Spannungsregler erzeugt (ein Chip der auf der Platine sitzt), zusätzlich zum Spannungsregler für die 5V-Versorgung des Duemilanove. Wenn Du also auch so einen 3V3 Spannungsregler in Deiner Schaltung vorgesehen hast, dann hast Du die Spannung auch zur Verfügung, ohne ihn natürlich nicht.