Mi viene il dubbio che tu abbia collegato l'alimentatore a 12V 1A all'ingresso di Arduino e con lo stesso alimentatore alimenti anche il motore.
Prova ad alimentare Arduino tramite la sola USB del PC ed il motore con l'alimentatore.
Un motore per la ventola credo consumi qualcosa come un paio di ampere se non di più, quindi l'alimentatore sarebbe insufficiente.
Comunque, lo spunto potrebbe portare la tensione di 12V a valori molto più bassi
Visto il carico in gioco, metti in parallelo all'uscita dell'alimentatore un condensatore elettrolitico da 4000 uF (o più) per ridurre questi effetti.
Ettore Massimo Albani