Hola JVzquez, bienvenido al foro.
Oye ¿Has probado a cambiar la programacion del dataloger y escribir primero los datos de latitud y luego longitud? asi cuando grabe la SD el fichero tendra los datos en el formato que tu quieres.
SI no te aclaras pon el fragmento del codigo donde grabas los valores y podremos indicarte donde invertirlo para que grabe primero uno y luego otro.
Un saludo.