Ist überhaupt kein Problem. Wird mit der neuesten IDE sogar direkt unterstützt. Ging mit ein paar kleinen Tricks aber früher auch schon. Wenn Du eh einen ISP hast und genaues Timing nicht wichtig ist kannst Du die Minimalbeschaltung weiter reduzieren: der Quarz ist unnötig wenn Du den internen RC Oszillator verwendest.
Habe ich auch schon oft genug gemacht. Funktioniert garantiert. Der nächste Schritt ist dann auch noch die IDE wegzulassen und nur noch die Libraries zu verwenden 
Und den Bootloader kannst Du weglassen. Der nervt eh nur.