Selbstverständlich gibt es Fuses die mit dem Bootloader zu tun haben. Siehe Datenblatt "27. Boot Loader Support – Read-While-Write Self-Programming". Allerdings stellt die IDE die Fuses automatisch richtig ein. Da Programme immer am Anfang des Flash Speichers beginnen muß der Controller ja irgendwoher wissen, ob er am Anfang oder beim Bootloader beginnen soll und ggf. wo der Bootloader liegt. Das wird mit den entsprechenden Fuses eingestellt.