In der Version 1.5.5 hat man das anscheinend endlich eingeführt:
Added line numbers, can be enabled/disabled from preferences (Cayci Gorlitsky)
Das ist eine Beta-Version, die eher für den Due gedacht ist, aber sie scheint auch mit den Atmegas meistens zu funktionieren.
Ansonsten eine Zeile markieren und unten links schauen. Da wird die Nummer angezeigt. Aber nur für die aktuelle. Wenn du dann z.B. mit den Pfeiltasten hoch und runter gehst, siehst du wo du bist.
Es gibt aber auch weit bessere Alternativen zur Arduino IDE, z.B. Atmel Studio der Visusual Studio Professional mit VisualMicro plugin, oder Code::Blocks. Da hat man alle Funktionen die man aus normalen IDEs gewöhnt ist.