Installer un programme sous root est une chose sérieuse : il faut que le paquet soit correctement fait.
Ce qui n'est pas le cas de l'IDE arduino, d'ailleurs ce n'est pas un paquet.
L'IDE arduino embarque en propre tout ce qu'il lui faut pour fonctionner (Java, gcc, avr-gcc, etc).
C'est une installation à la windaube où l'on peut trouver sur le disque dur plusieurs fois le même programme mais avec des versions différentes.
Quand Debian maintenait le paquet arduino.deb tout était contrôlé et adapté s'il le fallait.
Maintenant ce n'est plus le cas.
Quel est l'intérêt d'installer en root sous usr ou opt une IDE dont la version de GCC à peut-être 2 ou 3 versions de retard avec ce qui a été déjà installé à partir des dépots Debian ?
Le seul intérêt que je vois est dans un système multiutilisateurs, c'est le cas de combien de personne ici ?
Et encore d'autres solutions existent comme une partition supplémentaire où tous les comptes auraient le droit de lecture.
Il suffit de décompresser le fichier targz et de placer le répertoire ainsi créé à l'emplacement que vous voulez dans votre répertoire personnel.
Avantage : les versions de l'IDE se suivent mais ne se ressemblent pas, il y en a de foirées même si heureusement la série 1.6.X n'est plus qu'un très mauvais souvenir.
Installer chaque version dans un répertoire différent permet de pouvoir continuer à utiliser une ancienne version réputée fonctionelle.
Pour finir, selon votre interface graphique, il est facile de créer un lanceur sur le bureau.