Arduino Mega 2 SD cards (SDFat TwoCards example)

solange man PIN 53 (SS pin des Mega) verwendet.

Sachte ich doch!
Der Pin MUSS auf OUTPUT gestellt werden.
Oder wenigstens HIGH bleiben.

Das steht im Datenblatt und in der SPI Doku

Denn sobald der INPUT LOW Zustand an SS eintritt, schaltet die SPI Hardware in den Slave Modus, und die Kommunikation mit der SD Karte versagt.