Arduino mega 2560 a Cnc 4 ejes

Hola comunidad estoy desarrollando un cnc 4 ejes, estoy trabajando con Arduino Mega 2560 de manera que se facilita por su gran cantidad de puertos, los motores paso paso ya los he logrado implementar al driver adecuado con el LN298N (imagen1).Ahora estoy en la tarea de trabajar la comunicación PC-CNC en el cual he leído gran cantidad de tutoriales de manera que son eficaces pero que no aplican a mi proyecto ejemplo: Arduino Uno + Grbl (para 3 ejes) . Como construir una CNC casera de 3 ejes desde 0 - YouTube
Ahora he logrado encontrar una web que utiliza de manera semejante el mismo sistema pero con una diferente configuración http://zapmaker.org/arduino/programming-hex-file-on-mega2560/
se trata de un Firmware para el Arduino 2560 y un archivo .Hex que se carga con software XLoader (Imagen2) y que finalmente se utiliza el software Grbl Controller (imagen3) para su respectiva interpretación de código G Cnc .Ya he logrado la comunicación correcta (imagen4) pero debo saber y conocer como configuro los puertos de salida y entrada del arduino y su respectiva calibración o variables a definir (Firmware) . Recordándoles amigo que la configuración del Grbl para Arduino uno es diferente al de Arduino 2560.
¡Gracias!

Fotos : MEGA