Alcuni pin possono avere più funzioni. Ma se a te quel pin serve solo come input (HIGH/LOW) di un pulsante, te ne freghi delle ulteriori funzionalità.
Unici pin che non dovresti usare sono il TX e RX della seriale collegata alla USB (Pin 0 e 1).
Anche i pin analogici li puoi usare come digitali.
Arduino Mega: 5v Arduino Due: 3,3V only occhio