Arduino Mega mit Thermoelementen

Der MAX6675 hat eine SPI-Schnittstelle. Du brauchst für jeden MAX6675 eine eigene EN-Leitung.
Das Problem ist ein anderes.
Ein Pol des Thermoelements ist auf Masse gelegt. Normalerweise haben die Thermoelemente diesen Pol mit dem Gehäuse verbunden. Wenn es blöd kommt hast Du durch die Termoelemente verschider Metallteile mit verschiedenen Potentialen verbunden und dadurch Probleme bei den Messungen.

Was willst Du denn genau messen?
Grüße Uwe