Also mit der Genauigkeit wird das kein Problem mit den Signalen auch nicht mit 40 Signalen die du ausgeben musst. Wenn du Probleme mit der Menge der Ausgänge mit den Arduino Mega hast kann ich dir diesen hier empfehlen Arduino/Genuino - Watterott electronic (hat 70I/Os). Es ist zwar noch der alte Chip drauf aber du kommst mit deinem Progrämmchen nicht an die 126kB. und mit einer kleinen Änderung der IDE kommst du auch ohne Probleme an die zusätzlichen pins